Foto aérea de la Iglesia del Monasterio del Pailar
La iglesia tomó forma final durante el reinado de Isabel la Católica (1475–1504) y es la parte más sobresaliente de todo el conjunto. La reja que separa los fieles de los monjes fue realizada por el fraile cartujo Francisco de Salamanca y es una obra maestra en su género. La sillería del coro, que en el año 1883 había sido trasladada a la Basílica de San Francisco el Grande de Madrid, se repuso en el año 2003 en su actual y original ubicación.2 Esta sillería, de madera de nogal, fue tallada en el siglo XVI por el segoviano Bartolomé Fernández, que también fue el creador de la sillería de la iglesia del monasterio de El Parral en Segovia.